Umfangreiche und hochgeschätzte Sammlungen mit Werken der Kunst, des Kunstgewerbes und Schmucks, sowie eine Geschichte, die auf das Jahr 1876 zurückgeht, machen das Museum im Prediger zu einem der größten und ältesten kommunalen Museen Baden-Württembergs. In einzigartiger Weise sind in den seit März 2007 neu gestalteten Sammlungsbereichen die Kunst und Kulturgeschichte der Region lebendig und facettenreich erfahrbar:

Im Bereich der Archäologie mit einem 180 Millionen Jahre alten Fischsaurier vom Grund des Jurameeres.

In der Römerabteilung um die Themen Begräbnis- und Badekultur, Limes und Götterkult.

In der reichen Mittelalterabteilung mit einem 1419 datierten "Schweißtuch der Heiligen Veronika", das nicht nur für das älteste mittelalterliche Tafelbild der Sammlungen steht, sondern auch eines der ältesten in Schwaben überhaupt.

Im Münsterschatzkabinett mit dem größten Kirchenschatz Baden-Württembergs, darunter ein Kreuzreliquiar in Form des Kalvarienberges aus der Zeit um 1440/50.

Im Kabinett zu den Themen Recht, Strafe und Erlösung, in dem das größte mittelalterliche Gemälde der Sammlungen, ein „Salvator Mundi“ aus dem Jahr 1487, und eine um 1460 entstandene Heilige Dreifaltigkeit (Trinität) zu den vielen Raritäten und absoluten Besonderheiten der ständigen Ausstellung gehören.

Im großen Silberkabinett, das neben einer einzigartigen Sammlung an Rosenkränzen, die vom 15. bis ins 19. Jahrhundert reicht, wertvolle weltliche und kirchliche Schätze und Judaika vereint.

Und im Grafikkabinett mit Werken weltbekannter Künstler wie Martin Schongauer, Albrecht Dürer, Hans Baldung Grien oder Lucas Cranach.

Den – vorläufigen – Abschluss der Dauerausstellung bildet der so genannte Passionsraum, in dem eine "Maria mit dem Kind" des renommierten niederländischen Spätrenaissancemalers Joos van Cleve (um 1485–1540/41), mittelalterliche Altartafeln mit der "Geburt Christi" und "Anbetung der Könige" und ein fast lebensgroßes Fragment eines barocken Kruzifixes besonders bemerkenswerte Blickfänge sind.