Facettenreich erfahrbar wird die Sammlung in der ständigen Ausstellung. Durch den Umbau des "Prediger" sind momentan jedoch nur Teile der Dauerausstellung zu sehen.

In der reichen Mittelalter-Abteilung ragt ein 1419 datiertes "Schweißtuch der Heiligen Veronika" heraus: das Bildwerk ist nicht nur das älteste mittelalterliche Tafelbild der Sammlungen, sondern auch eines der ältesten in Schwaben überhaupt. Mit einer Gesamthöhe von 231 cm, einer Breite von 134 cm und einer Länge von 240 cm sorgt ein "Palmesel", eine Figurengruppe mit dem auf einem Esel reitenden Christus, für überwältigendes Staunen: die um 1500 entstandene lebensgroße Holzfigur nimmt unter den etwa 160 in ganz Mitteleuropa nur noch erhaltenen Exemplaren nach Qualität, Erhaltungszustand und Geschichte eine herausragende Stellung ein.

Ein gesondertes Kabinett zeigt den bedeutendsten Kirchenschatz Baden-Württembergs, den des Heiligkreuzmünsters: Er umfasst kirchliches Gerät aller Arten und Stile von der Gotik über die Renaissance zu Barock und Historismus bis in die 60er Jahre des 20. Jahrhunderts; darunter finden sich so hochkarätige Objekte wie ein Kreuzreliquiar in Form des Kalvarienberges aus der Zeit um 1440/50, eine prächtige barocke Strahlenmonstranz aus der Hand des berühmten Augsburger Goldschmieds Michael Mair und eine 1755–57 datierte „Maria Immaculata“-Statue des Meisters Franz Anton Lang; mit einer Höhe von über zwei Metern stellt diese einzigartig gearbeitete Madonnen-Figur das größte Objekt des Münsterschatzes dar.

Zu den absoluten Besonderheiten der ständigen Ausstellung gehört ein „Salvator Mundi“ aus dem Jahr 1487: Gewaltige 2,35 Meter Höhe und ein Meter Breite misst das Bild, das „ain gleichnus der person cristi – die leng vnd gros“ darstellt – so hat es der Maler selbst ausdrücklich auf der Holztafel dokumentiert. Formuliert wird hier nicht weniger als der Anspruch, das Abbild und die Wahre Länge Christi abzubilden. Diese Bildfindung stellt in der Kunst eine absolute Rarität dar.

Das Silberkabinett vereint neben einer einzigartigen Sammlung an Rosenkränzen, die vom 15. bis ins 19. Jahrhundert reicht, wertvolle weltliche und kirchliche Schätze und Judaika.

Grafische Meisterweke von Albrecht Dürer, Hans Baldung Grien, Lucas Cranach und Martin Schongauer sind in einem gesonderten Kabinett vertreten.

Den – vorläufigen – Abschluss der Dauerausstellung bildet der Raum mit Werken zur Geburt und Passion Christi. Besonders bemerkenswerte Blickfänge bieten zwei um 1500 entstandene Altartafeln mit der Darstellung der "Geburt Christi" und der "Anbetung der Könige", eine um 1460 entstandene "Hl. Dreifaltigkeit (Trinität)" und ein fast lebensgroßes Fragment eines barocken Kruzifixes.