Jens Düppe kommt ursprünglich aus Schwäbisch Gmünd in Süd-Deutschland. Er bekam früh Klavierunterricht, begann mit zehn Jahren Schlagzeug zu lernen und studierte bis 2002 Jazz an den Musikhochschulen in Weimar, Amsterdam und New York City. Düppe war lange Zeit Mitglied des Bundesjugendjazzorchesters (BuJazzO). 2003 holte ihn Albert Mangelsdorff ins Deutsch-Französische Jazz Ensemble und arbeitete daraufhin mit Düppe zusammen im Mangelsdorf-Dauner Quintett.